Noen forsterkere er lokalisert oppstrøms for promoteren, mens andre er nedstrøms, så isolatorens effekt avhenger ikke av dens relative posisjon til promoteren. Derfor er årsaken til retningsvirkningen til isolatoreffekten ennå ikke fullt ut forstått. To loki er funnet å påvirke isolatorfunksjonen gjennom trans-aktivering. S2J(Hw)-genet koder for et nukleoprotein som gjenkjenner isolatorer; Isolatoren utøver sin isolerende effekt først etter binding til den.
Når dette genet er mutert, selv om en isolator settes inn i y-lokuset, går den isolerende effekten tapt, og y uttrykkes i alt vev. Det andre locuset er mod(mdg 4), og mutasjoner i dette genet har motsatt effekt av Su(Hw); disse mutantene forsterker alle den isolerende effekten, noe som gjør isolatorens isolerende effekt ikke lenger retningsbestemt, men utvidet, og blokkerer dermed effekten av oppstrøms- og nedstrømsforsterkerne. En forklaring er at Su(Hw) først binder seg til isolatorens DNA, noe som får isolatoren til å utøve sin isolerende effekt. Når mod(mdg4) kombineres med Su(Hw), mister isolatoren sin isolerende effekt; når mod(mdg4) endres brått, kan den ikke kombineres med Su(Hw), og dermed gjenvinner isolatoren sine isolerende egenskaper.
